Nagato

É o líder e fundador da Akatsuki, também é o homem que controla os Pains, quase ninguém da Akatsuki sabe de sua existência, a não ser sua amiga de infância e companheira de missões na organização, Konan, seu ex-sensei, Jiraiya, e Tobi. É herdeiro do Doujutsu mais poderoso de um dos Fundadores do Mundo Shinobi, o Eremita dos seis caminhos, o Rinnengan. Sua aparência é similar a de Orochimaru, porém mais fraca e todos da Akatsuki não ousam questionar suas ordens, exceto Hidan devido sua religião. Nunca sequer perdeu um combate, porém perdeu pela primeira vez para o ninja Uzumaki Naruto perto das ruínas de Konoha.

Nagato é um dos mais fortes ninjas que já habitou a terra,devido seus controles de chakra e seus jutsus apavorantes.Possui um Jutsu, conhecido como Rikudo no Kuuin que faz ressuscitar shinobis mortos, porem eles são modificados e podem utilizar o tipo de Justsu que quiserem, mas só esse (ex:invocação), todos eles são controlados por Nagato e se intitulam "Pein". Conseguiu também criar um

Justsu, o Shouten no Justsu que faz clones de qualquer pessoa, recorrendo ao seu chakra, e assim o clone pode usar os Justsus dos originais. Esse Justsu já foi utilizado em prol da Akatsuki.

Nagato também se fez supor que tenha o poder da "Pré-clarividência" (capacidade de prever o futuro). Os Pein que ele controla também possuem um Rinnegan e compartilham a mesma visão, podendo assim ver o alvo de um ângulo diferente (mais o menos no ângulo de 360° juntos). Possuí o Rinnengan, no qual ele pode usar qualquer Ninjutsu que bem entender, ele pode usar qualquer jutsus que ele puder enxergar (ver), porém a alguns que ele não consegue aprender pois exige algo a mais que só a visão. Nagato também possui um Jutsu tão forte que é capaz de arrasar uma vila inteira de uma só vez, como é mostrado no capítulo 429, ao arrasar Konoha inteira com o Shinra Tensei com máxima potência. Este Jutsu faz com que os Pein encurtem suas esperanças de vida, como anunciado por Konan. No mangá 436, Nagato finalmente se revelou, mostrando que tem uma espécie de junção a uma maquina que possui imensos piercings cravados em suas costas para que ele possa transmitir seu chakra entre os seis corpos. Além disso, também tem uma habilidade que segundo Konan, quando Nagato esta próximo aos seus oponentes consegue controla-los apenas com seu chakra, isso somente se perfurar seu inimigo com suas estacas negras. No manga 447, ele revelou a invocação proibida do Kuchiyose no Jutsu, o Kuchiyose - Gedo Mazo